Con "manutenzione ordinaria" si intendono interventi limitati che non comportano lo smontaggio di parti consistenti dell'organo e che comprendono di regola l'accordatura di registri ad ancia, l'eventuale correzione dell'intonazione o accordatura di singole canne ad anima, la correzione di lievi difetti dell'impianto organario. Tale manutenzione riguarda gli strumenti in buona efficienza, antichi o di nuova costruzione; č cura dell'organista segnalare al proprietario o al gestore dello strumento quei piccoli difetti a cui egli non č in grado di rimediare da solo e che richiedono l'intervento dell'organaro.
La manutenzione straordinaria consiste in interventi che, differentemente da quelli di manutenzione ordinaria, richiedono lo smontaggio di parti molto consistenti in vista di puliture approfondite od operazioni comunque eseguite sulla generalitā dell'impianto: tipicamente lo smontaggio di tutte le canne metalliche , l'apertura e revisione dei somieri, della manticeria, dell'apparato trasmissivo in un contesto comunque di buona conservazione e buon funzionamento complessivo dell'insieme. Tipicamente si tratta di interventi di pulitura generale con revisione dell'intonazione delle canne e nuova accordatura, da eseguirsi ogni 15-20 anni circa.
Le manutenzioni straordinarie che si eseguono su organi non sottoposti a vincolo di tutela ministeriale (si ricorda che il vincolo riguarda in generale ogni bene mobile ed ogni strumento costruito da oltre 50 anni) possono in taluni casi suggerire modifiche funzionali od ampliamenti di diversa portata, fino alla ricostruzione dell'intero strumento; la relativa progettazione rientra nel servizio di consulenza organaria.